El australiano Casey Stoner (Ducati Desmosedici) consiguió en el circuito japonés de Motegi su segunda victoria consecutiva de la temporada y el líder del mundial, el español Jorge Lorenzo, se peleó durante toda la carrera con su compañero de equipo, el siete veces campeón del mundo de MotoGP, el italiano Valentino Rossi. Oro italiano, Andrea Dovizioso (Honda RC 212 V), aprovechó la oportunidad que le brindaba salir desde la mejor posición de la formación de salida por primera vez en su carrera deportiva en MotoGP para ser el primer líder de la carrera seguido por el australiano Casey Stoner.
Mientras, el italiano Valentino Rossi (Yamaha YZR M 1) se colocó inicialmente tercero, pero Jorge Lorenzo, que no quería perder comba, se esforzó por superar rivales cuanto antes.
Con Rossi en la tercera plaza, Lorenzo no se lo pensó demasiado y en una primera intentona por fuera no logró su objetivo, pero sí un par de curvas después, al meter su Yamaha por dentro de la del campeón del mundo para situarse tercero.
Antes de completarse el primer giro Stoner decidió aprovechar su oportunidad y superó a Dovizioso para intentar marcharse de sus rivales, pero el italiano supo engancharse bien al australiano, en tanto que Lorenzo y Rossi empezaron a quedarse algo rezagados.
A ritmo de vuelta rápida durante varios giros, Casey Stoner intentó poner tierra de por medio respecto a sus más inmediatos rivales, pero no logró su objetivo con Dovizioso, quien en Japón estrenó su sexto y último motor de la temporada, al parecer algo más veloz potente que los anteriores.
En esos primeros giros se produjo un ligero percance que afectó a dos de los pilotos estadounidense de la categoría, Ben Spies (Yamaha YZR M 1) y Nicky Hayden (Ducati Desmosedici), que se tocaron antes de la entrada del túnel y ambos se tuvieron que salir de la pista si bien controlaron sus motos y pudieron regresar a pista pero algo más rezagados en la clasificación, decimocuarto y decimosexto respectivamente.
Mientras Stoner y Dovizioso se marchaban, Rossi se percató de la circunstancia y al ver que Lorenzo no terminaba de reaccionar y tener un buen ritmo, decidió superarlo en un espectacular interior para con una vuelta rápida en el siguiente giro intentar cazar a sus rivales, que ya estaban a casi dos segundos.
La carrera transcurrió más o menos por los mismos derroteros durante buena parte de la misma, puesto que Stoner supo mantener un ritmo constante y Dovizioso en la primera parte de la misma no pudo "meterle" rueda en una sola ocasión a su oponente.
Rossi y, sobre todo Lorenzo, no cejaron en su empeño de consolidar la tercera plaza de la carrera y por ello que Lorenzo intentase en varios puntos superar a su rival, pero el italiano, mucho más combativo que en otras ocasiones, se lo acabó impidiendo.
Stoner se marchó de Dovizioso en el último tramo de la carrera con la suficiente diferencia como para que ya no le inquietase su rival y así lograr su primera victoria en Motegi, razón por la que el interés de la carrera se centró en la lucha por la tercera plaza que protagonizaron Rossi y Lorenzo.
El "pique" entre Rossi y Lorenzo levantó chispas en las dos últimas vueltas, en las que hubo roces de carenado, "toques" entre las motos y sin que ninguno de los dos cediese un milímetro a su rival y eso que el español se estaba jugando el título, pero también la honra de ser campeón peleando de tú a tú con su propio compañero de equipo y siete veces campeón del mundo de la máxima categoría del motociclismo mundial.
